2007年8月以来，敦煌中学主动作为，按照全市“异地办高中”教育改革要求，先后招收培养肃北县、阿克塞县蒙古族、哈萨克族、藏族、维吾尔族等民族学生1626人，使民族县高考升学率稳步增长，2018年在校就读的自治县学生高考上线率均达到100%。2013年，敦煌中学被评为全省民族团结进步创建示范单位。
    敦煌中学注重各民族学生德育工作，坚持将民族团结理念融入学生日常教育管理，做到了“六个一”，使民族团结理念在青少年心中扎根。“管住一张嘴”：全体教师注重言行，规范用语，对学生不分区域，不讲来源，在校的都是敦煌中学的学生，尤其做到了尊重不同民族学生的生活习惯和个体差异。“捧上一颗心”：由于民族县学生远离家乡，加上部分学生自主生活能力较弱，各教学班主任和生活班主任主动帮助学生，使他们形成良好习惯。“引好一条线”：为帮助民族县学生彻底融入快节奏的高中学习生活，学校除在作息、饮食、仪容等方面统一要求外，还用理解和包容感动学生，用关爱和交流感化学生，力争让每一名学生都跟得上，不掉队。“搞好一次管理工作会”：每周召集政教处、教务处、民族教育联络办公室等的负责人召开民族县学生教育管理工作会，及时研究教育管理办法，解决出现的新问题，形成齐抓共管的教育管理网络。“用好一个标准”：不论是对敦煌籍学生，还是对民族县学生，学校都用统一的评价体系表彰奖励，让每名学生朝前看有盼头、向前走有劲头。“开好一次家长会”：学校每个学期定期召开一次肃北、阿克塞两县学生家长会，让学生和家长的道德观、人生观、价值观趋向一致，形成教育合力，共同为培养下一代而努力。